Higher Education Long Term Strategy (HELTS) 2003 – 2010 menetapkan tiga kebijakan dasar pengembangan perguruan tinggi, yaitu nation’s competitiveness, autonomy, dan organizational health. Lulusan perguruan tinggi diharapkan memiliki kompetensi tinggi sehingga dapat memenangkan persaingan dengan lulusan perguruan tinggi, khususnya dari luar negeri. Kemandirian merupakan pendekatan terbaik untuk pengelolaan manajemen perguruan tinggi yang sangat kompleks. Kesehatan organisasi diwujudkan untuk mengembangkan kebebasan akademik, inovasi, kreativitas, dan knowledge sharing. Sistem penjaminan mutu merupakan sarana untuk mendorong terwujudnya tiga kebijakan di atas.
Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) adalah kegiatan sistemik penjaminan mutu pendidikan oleh perguruan tinggi untuk mengawasi penyelenggaraan pendidikan tinggi oleh perguruan tinggi itu sendiri secara berkelanjutan. Kata mengawasi bermakna ‘perencanaan’, ‘pelaksanaan’, ‘pengendalian’, dan ‘pengembangan/ peningkatan’ standar mutu perguruan tinggi secara konsisten dan berkelanjutan untuk kepuasan stakeholders.
Melalui KJM, UGM merintis dan mengembangkan konsep sistem penjaminan mutu internal perguruan tinggi. Konsep tersebut meliputi definisi penjaminan mutu, siklus implementasi penjaminan mutu, organisasi, sistem dokumentasi, dan sumber daya manusia. Penjaminan mutu internal dilakukan untuk mencapai (i) kepatuhan terhadap kebijakan akademik, standar akademik, peraturan akademik, dan manual mutu akademik, (ii) kepastian bahwa lulusan memiliki kompetensi sesuai dengan yang ditetapkan di setiap program studi, (iii) kepastian bahwa setiap mahasiswa memiliki pengalaman belajar sesuai dengan spesifikasi program studi, dan (iv) relevansi program pendidikan dan penelitian dengan tuntutan masyarakat dan stakeholders lainnya.
Lingkup peningkatan SPMI UGM terlihat pada jenjang dan dalam penjaminan mutu. Sebelum tahun 2008 SPMI hanya dilaksanakan pada jenjang S-1. Sejak tahun 2009 SPMI dilaksanakan pada semua jenjang meliputi D3, S-1, S-2, S-3 dan profesi. Dalam hal lingkup penjaminan mutu, sebelum tahun 2009 implementasi SPMI hanya pada lingkup kegiatan akademik (pendidikan, penelitian, dan pengabdian pada masyarakat), tetapi sejak tahun 2010 sudah memasukkan komponen nonakademik, yaitu sumber daya manusia, sarana prasarana, keuangan, manajemen, dll. Dengan perluasan lingkup ini, kegiatan Audit Mutu Akademik Internal (AMAI) berubah menjadi Audit Mutu Internal (AMI).
Konsep dan implementasi SPMI-PT di UGM menyesuaikan terhadap budaya, kondisi, kemampuan, ukuran, nilai dan cita-cita UGM, seperti ditunjukan pada gambar berikut,
Seperti ditunjukan pada gambar, bahwa SPMI merupakan bagian yang tidak terpisahkan denganSistem penjaminan Mutu Eksternal (SMPE), dalam hal ini salah satu tujuan (mile stone) dari penjaminan mutu Internal (PMI) adalah mempersiapkan Penjamminan mutu Eksternal (PME).
Dalam rangka memastikan SPMI diimplementasikan secara sistimatik, maka pelaksanaan seluruh kegiatan SPMI dinyatakanan sebagai satu rangkaian kegiatan penjaminan mutu dalam bentuk satu siklus tertutup dalam periode implementasi setiap tahun, seperti ditunjukan pada gambar berikut.